В 1995 г. по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и при поддержке правительства Москвы и Российской академии наук был учрежден Фонд по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова). С 2009 г. духовное окормление и попечение и продолжение дела, начатого покойным Святейшим Патриархом Алексием II, осуществляет и деятельно поддерживает Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
Макариевская премия, начиная с 1884 г, остается одной из самых престижных и известных премий России и мира. Она вручалась не только богословам, но и ученым за высокие достижения в самых различных областях знаний. Именно пример России ( Демидовская, Уваровская, Макариевская, Ломоносовская и Пушкинская премии) в немалой степени инициировал учреждение знаменитой Нобелевской премии. Дополнительно к основным вручаются молодежные премии за выдающийся вклад в развитие отечественной исторической науки.
По уставу Макариевского фонда премии утверждаются Комитетом по присуждению премий в составе: Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, президент Российской Академии наук академик РАН Ю.С.Осипов, мэр г.Москвы С.С.Собянин, архиепископ Истринский Арсений, викарий Московской Патриархии; Митрополит Ташкентский и Узбекистанский Викентий, председатель Макариевского фонда; ректор МГУ им. М.В.Ломоносова академик РАН В.А.Садовничий, декан Исторического факультета МГУ академик РАН С.П.Карпов, председатель Экспертного Совета Макариевского фонда, научный руководитель ЦНЦ "Православная Энциклопедия" и ответственный редактор издательства "Большая Российская Энциклопедия" С.Л.Кравец.
По традиции вручение премий памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова) проводится в конференц-зале Президиума Российской Академии Наук. Лауреатам вручаются дипломы, медали, денежные премии и многотомный труд митрополита Макария "История Русской Церкви".
Наши современники, 132 ученых России и зарубежья, стали лауреатами Макариевской премии в области исторический знаний.